対象ファイル

〜/plugins/wp-pagenavi/core.php

変更箇所

#mainという名でアンカーをつけます。

249行目付近

$attr['href'] = $this->get_url( $page );

↓

$attr['href'] = '' . $this->get_url( $page ) . '#main';

追記

上記は新しいバージョンなので古いのwp-pagenaviについてはこちらを参照してください。